Kæledyr
Panama er, ifølge Conservation International, en del af Mesoamerican biodiversity hot spot, der strækker sig hele vejen gennem det tropiske Centralamerika fra Mexico. Dens La Amistad International Park og Biosphere reserve, delt med Costa Rica, er det største uberørte tågeskovsområde i Centralamerika. Conservation International anslår, at 75% af de trækfugle på den vestlige halvkugle samles i parken. En nylig undersøgelse af Smithsonian Tropical Research Institute's Center for Tropical Forest Science fandt, at Panamas skove er mere varierede i natur end Amazonas'. Panama er hjemsted for truede arter såsom Jaguar og Baird's Tapir samt mange andre mindre kendte skabninger.
Den panamanske guldfrog (Atelopus zeteki) anses nu for at være uddød i naturen efter at de sidste kendte frøer blev taget i fangenskab for at beskytte dem mod en dødelig svamp. Hjemmehørende i bjergtropiske skove i vestcentral Panama i højder på mellem 1.100 og 4.300 fod, blev den fundet i bjergbække. Den panamanske guldfrog kvækker ikke, men vifter med hånden for at signalere til andre frøer. Det er Panamas nationaldyr.
Den ornamenterede edderkopabe (Ateles geoffroyi ornatus) er en truet underart af Geoffrey's edderkopabe, der kun findes i Panama og Costa Rica. Der anslås at være omkring 30 aber tilbage i naturen, der lever i primær regnskov tæt på Stillehavskysten. Underarten er truet af ulovlig jagt såvel som af skovrydning og forstyrrelse af dens levested.
Harpyøglen (Harpia harpyja) er den største ørn i den nye verden og findes i Syd- og Centralamerika samt Panama. Harpyøgle lever i uforstyrrede skove og lever af dovendyr, aber og fugle. Arten er Panamas nationalfugl, men anses for at være truet af uddøen af Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). Der anslås at være over 200 ynglepar i Panama, selvom ødelæggelse af levesteder og ulovlig jagt fortsat truer harpyøglen.
5 arter af havskildpadder besøger Panamas farvande, og der er vigtige ynglepladser for den stærkt truede læderskildpadde (Dermochelys coriacea) på dets caribiske kyst ved Bocas del Toro. Læderskildpadder vandrer vidt i oceanerne, men vender altid tilbage til det samme sted for at yngle. De er truet af ægindsamling samt af at blive fanget i fiskesnore og net. Sea Turtle Conservancy anslår, at der er omkring 35.860 ynglende hunner tilbage i verden, hvoraf op til 14.005 kommer for at yngle på panamanske strande.