New Mexico er rig på biodiversitet, rangeret fjerdehøjst i antal hjemmehørende arter af NatureServe. New Mexico er tørt, med en relativt lav variation af amfibier og ferskvandsarter. Men dette tørre miljø giver et egnet hjem for en række edderkopper, andre araknider og insekter.
Pattedyr
- New Mexico har en række dyr hjemmehørende i staten. Pattedyrarter inkluderer canadisk los, Gunninson's præriehund, sortfodet ilder, mindre langnæset flagermus, mexicansk langnæset flagermus, ørkenlommegrævling, penasco chipmunk, hurtig ræv, gulnæset bomuldsrotte og grå ulv. Jaguaren, som er den største hjemmehørende amerikanske kat, anså man for at være forsvundet fra Sydvesten, indtil den blev set i New Mexico i 1996.
Fisk
- Blandt fisk har New Mexico hovedvandschub, Rio Grande cutthroat ørred, roundtail chub, Gila chub, Zuni bluehead zucker, Gila topminnow, Rio Grande silvery minnow, Chihuahua chub, spikedace, White Sands pupfish, gray redhorse og Sonora sucker. Loach minnow lever også i New Mexico. Loach minnows lægger alt fra fem til 250 æg under en flad sten.
Amfibier
- Amfibiearter hjemmehørende i New Mexico inkluderer Jemez Mountains salamander, Chiricahua leopard frø, boreal padde, lowland leopard frø og Sacramento Mountain salamander. New Mexicos hjemmehørende krybdyr inkluderer mexicansk strandslange, sandklit firben, klapperslange, gråternet whiptail og smalhovedet strandslange. New Mexico ridgenose klapperslange, anså for at være truet, fortsætter med at gøre ørkenerne i New Mexico til sit hjem.
Fugle
- Mange fuglearter er hjemmehørende i New Mexico, inklusive mindre præriehøne, Sprague's pipit, gulnæbet gøg, mindsteterne, nordlig aplomado falcon, sydvestlig pilfisk, hvidhalset tran, bjergplover, mexicansk plettet ugle, amerikansk vandrefalk, arktisk vandrefalk og whiskered screech ugle. Den vestlige gravugles tilstedeværelse i New Mexico er blevet stadig svagere, og den betragtes nu som en art af bekymring.
Hvirvelløse dyr
- Der er mange arter i New Mexicos hvirvelløse gruppe, både arthropoder og bløddyr. Arthropoder inkluderer Noel's amphipod, animas minute moss beetle, Anthony blister beetle, bonita dykkerbille, ørken viceroy sommerfugl, kalksten tigerbille, New Mexico silverspot sommerfugl og regal silverspot sommerfugl. Socorro isopoden er en vandlevende isopod forskellig fra sine landbaserede slægtninge; den overlever kun i resterne af ét termisk bad i New Mexico. New Mexicanske bløddyr inkluderer chupadera springsnail, Gila springsnail, Texas hornshell, Toltecus chihuanus tusindben, Dona Ana talussnail, pecos springsnail og Sangre de Cristo peaclam.
