Estuaries er skrøbelige på grund af flere indbyrdes forbundne sårbarheder:
- Følsomhed over for forurening: blanding af ferskvand og saltvand får forurenende stoffer til at bestå og ophobe sig.
- Ændring af levesteder: opbagning, landindvinding og udvikling ødelægger vitale habitater.
- Overfiskeri: uholdbart høst udtømmer fiskebestande og ynglepladser.
- Ressourceudvinding: minedrift af sand, grus eller olie forstyrrer fysisk struktur og strømning.
- Klimaændringer: stigende havstand, forsurning og saltvandsskift destabiliserer økosystemet.
Beskyttelse af estuaries kræver omfattende forvaltning, bevaring og bæredygtig praksis.