Rundhalede muskrater er relativt store og velbeskyttede, så de har ikke mange naturlige fjender. Dog kan nogle dyr lejlighedsvis jage dem:
- Store slanger: Vandmoccasiner og store snøregnattere kan underlægge en ung eller svækket muskrat.
- Alligatorer og krokodiller: Disse opportunistiske krybdyr kan udgøre en trussel, hvor deres udbredelse overlapper.
- Store fisk: Arter som malle eller gedde kan jage unge muskrater eller dem i sårbare positioner.
- Større pattedyr: Prærieulve, los og vaskebjørne kan gå efter muskrater, hvis andet bytte er knapt.
Prædation på rundhalede muskrater er sandsynligvis ikke en væsentlig faktor i deres populationsdynamik. De påvirkes oftere af habitattab og -forringelse samt sygdom og parasitter.
