Marine miljøer: Amøber og foraminifera er rigelige i oceaner og bidrager til marin biodiversitet.
Ferskvandsområder: Amøber og skalamøber lever i damme, søer, bække og andre indlandsvande.
Fugtige terrestriske miljøer: Nøgne amøber og slimskimmel lever i fugtig jord, skovbund og rådent træ, hvor de nedbryder organisk materiale og genbruger næringsstoffer.
