Tapirer har nogle få rovdyr, afhængigt af deres placering og alder:
- Jaguarer: Den mest almindelige prædator af voksne tapirer, især i Sydamerika.
- Pumaer: Også i stand til at nedlægge voksne tapirer, mere almindelige i Centralamerika og det sydvestlige USA.
- Kaimaner: Kan udgøre en trussel i ferskvandssumpe, især for unge tapirer.
- Anacondaer: Kan kvæle og dræbe tapirer, selvom dette er sjældent.
- Andre rovdyr: Store canider som ulve eller vilde hunde kan jage tapirer i nogle regioner.
Tapirer er generelt sky og kan forsvare sig med stærke ben og kraftige spark. Unge tapirer er mest sårbare. Mennesker er også en betydelig trussel gennem tab af levesteder og jagt.