Kejserefisk findes i tropiske og subtropiske farvande, afhængigt af arten.
Koralrev og klipperev
Tangskove
Forskellige dybder fra lavt til dybere vand
Specifikke regioner inkluderer Caribien, Indo-Stillehavet og Det Røde Hav. Arter som dronningkejserefisk, kejserfisk og arabisk kejserefisk findes i disse områder.