Kejserpingviner bruger flere strategier til at forsvare sig selv og deres kolonier:
- Klumpning: store kolonier gør det svært for rovdyr at målrette enkeltindivider.
- Forældreforsvar: voksne vogter æg og unger med finner og næb.
- Anti-rovdyr adfærd: årvågenhed og alarmkald advarer kolonien.
- Mobning: grupper omringer og angriber rovdyr for at jage dem væk.
- Flugt til vandet: pingviner svømmer væk fra landrovdyr.
- Camouflage: unger har gråbrune fjer, der smelter sammen med klippeterræn.
På trods af disse forsvar står de stadig over for leopardsæler, spækhuggere og nogle fugle.
