Kæledyr
Måske den mest synlige forskel mellem reptiler og fugle er, hvad der dækker deres hud. Reptiler er dækket af hårde skæl, og fugle er dækket af fjær. Dog, som N.S. Proctor og P.J. Lynch peger på i deres bog "Manual of Ornithology", er fjær og skæl lignende i struktur og oprindelse. De fleste fugle har stadig mere typiske skæl, der dækker deres ben og fødder.
En vigtig forskel mellem fugle og reptiler er metoden, hvormed de regulerer deres kropstemperatur. Reptiler er koldeblodede (eller ectotherme) og bruger deres miljø til at justere deres temperaturer. Fugle er varmeblodede (eller endotherme) og opretholder deres temperaturer internt. Dog forklarer I.H. Choi, R.E. Ricklefs og R.E. Shea i en artikel udgivet i "Physiological Zoology", at mange unge fugle er ectotherme i de første par uger af livet og har brug for deres forældre til at opretholde deres høje kropstemperaturer.
Hjertets struktur tilføjer mere forvirring til sammenligningen mellem fugle og reptiler. Øgler, slanger og skildpadder har et hjerte, der har tre kamre eller huler, mens krokodiller og fugle har et fire-kammet hjerte. Det er en grund til, at mange videnskabsmænd har grupperet fugle og krokodiller sammen.
Når man adskiller disse to grupper, påstår mange, at fugle plejer deres unger, mens reptiler ikke gør. Dog minder T.H. Clutton-Brock i "The Evolution of Parental Care" os om, at mange reptiler plejer deres unger, herunder de fleste krokodiller og nogle slanger.