Etnobotanik har nogle ulemper:
- Ufuldstændige eller unøjagtige oplysninger: mundtlige traditioner kan blive forvrængte eller tabt over tid.
- Kulturel følsomhed og udnyttelse: forskning kan ske uden korrekt samfundsgodkendelse eller fordelingsdeling.
- Begrænset anvendelighed: fund fra specifikke fællesskaber kan ikke generaliseres til andre regioner.
- Bevaringsudfordringer: uansvarlige praksisser kan føre til overhøstning af planter.
- Etiske overvejelser: spørgsmål om informeret samtykke, intellektuel ejendom og fordelingsdeling skal håndteres omhyggeligt.
Trods disse udfordringer forbliver etnobotanik værdifuld, når den tilgås etisk og respektfuldt.
