Kæledyr
San Francisco Bay Area er hjem for mange hjemmehørende dyr:
Pattedyr
* Californisk søløve, gråhval, sæl, Californisk jordegern, sort-halet hjort, prærieulv, bjergløve, los, grævling, vestligt gråt egern.
Fugle
* Californisk måge, brun pelikan, stor blå hejre, kongeørn, vandrefalk, Californiansk vagtel, Anna's kolibri, rødhalehøg.
Krybdyr og padder
* Vestlig gærdeslæge, Californisk rødbenet frø, trælevende salamander, vestlig damskildpadde.
Fisk
* Stribet bass, Chinook laks, coho laks, stålørred.
Hvirvelløse dyr
* Monarch sommerfugl, mariehøne, honningbi, vestlig tiger swallowtail.
Bay Area's forskellige habitater gør det til et tilflugtssted for dyreliv.