Kentucky er hjemsted for mindst 17 dokumenterede flagermusarter, herunder:
- Østrød flagermus (Lasiurus borealis) – rødbrun, almindelig i hele staten
- Grå flagermus (Lasiurus cinereus) – Kentuckys største flagermus, med blegrå eller grå pels
- Sølvhåret flagermus (Lasionycteris noctivagans) – mørk pels med sølvtips, fundet i skovområder
- Østlig pipistrelle (Perimyotis subflavus) – en af de mindste flagermus i Kentucky
- Stor brun flagermus (Eptesicus fuscus) – almindelig overalt i staten
- Lille brun flagermus (Myotis lucifugus) – en af de mest talrige arter
- Nordlig langøret flagermus (Myotis septentrionalis) – fundet i skovområder, med lange ører
Andre mulige arter inkluderer Rafinesques storørede flagermus, aftenflagermus, Seminole-flagermus og trekloret flagermus.
