Guløjede pingviner står overfor flere trusler:
- Habitattab: kystudvikling og skogsrydning nedgraderer yngle- og fødeområder.
- Menneskelig forstyrrelse: sejlads, fiskeri og rejsliv stresser ynglende fugle.
- Rovdyr: indførte hermeline, rotter, hunde og katte plyndrer reder og dræber pingviner.
- Sygdom: udbrud spreder sig hurtigt i små populationer med begrænset genetisk diversitet.
- Klimaforandringer: stigende havvand, storme og skiftende strømme påvirker føde og ynglepladser.
- Bifangst: pingviner drukner i fiske net.
- Konkurrence: invasive arter konkurrerer om føde og yngleplads.
Beskytelse kræver habitatbevaring, rovdyrkontrol, sygdomshåndtering og klimaindsats.