Selvom sorte kaimaner er top-rovdyr i deres miljø, har de nogle rovdyr, dog ikke mange:
- Større kaimaner: Voksne sorte kaimaner kan blive bytte for større medlemmer af deres egen art.
- Jaguare: Kendt for lejlighedsvis at jage voksne sorte kaimaner.
- Anacondaer: Store grønne anacondaer er kendt for at dræbe og fortære voksne sorte kaimaner.
- Mennesker: Offer for krybskytteri for skind og kød.
Prædation på voksne sorte kaimaner er relativt sjælden, da de er kraftfulde og godt udstyret til at forsvare sig selv.
