Jaguarer står øverst i fødekæden og har ingen naturlige fjender. Men menneskelige aktiviteter har alvorligt påvirket deres bestande. De største trusler inkluderer:
Mennesker: Ødelæggelse af levesteder fra skovrydning, landbrug og udvikling, samt ulovlig jagt efter pels, tænder og kløer.
Tab af levesteder: Fragmentering reducerer tilgængeligheden af bytte og gør jaguarer mere sårbare over for jægere.
Ulovlig handel: Jaguarer jages og sælges for deres kropsdele på sortbørsen.
Menneske-dyr-konflikt: Efterhånden som levesteder krymper, kommer jaguarer i kontakt med mennesker, hvilket nogle gange resulterer i skader eller død for både mennesker og jaguarer.
