De vigtigste bestandstrusler for antarktisk krill er:
- Klimaforandringer: Opvarmende havtemperaturer og ændringer i havis-dækning påvirker krill-populationer negativt, fører til forskyde fordeling og bestandsfald.
- Havforsuring: Stigende surhed på grund af opløst CO₂ kan forringe krills evne til at danne calciumcarbonat-skaller, påvirke vækst og overlevelse.
- Overfiskeri: Krill høstes i stor stil til fiskefoder, fiskolie og andre produkter, hvilket fører til potentielt overudnyttelse, især i visse områder.
- Bifangst: Krill kan ubevidst fanges som bifangst i fiskerier rettet mod andre arter, medfører yderligere dødelighed.
- Forurening: Forurening som plastik, kemikalier og tungmetaller kan påvirke krill direkte og indirekte gennem fødekæden, potentielt påvirke sundhed og reproduktion.
- Habitattab: Menneskelige aktiviteter som kystudvikling og turisme kan forandre eller ødelægge krill-habitater som is-kanten.
Bevaringstiltag som bæredygtige fiskeripraksisser, marine beskyttede områder og forureningereguleringer er essentielle for at mildre disse trusler og bevare antarktiske krill-populationer og de økosystemer, de understøtter.