Kæledyr
Tyskland er hjem for flere sjældne dyr på trods af sin tætte menneskelige befolkning:
Pattedyr
* Europæisk bison: Genintroduceret i områder som Eifel National Park.
* Grå ulv: Returnerer til det østlige Tyskland, især Lausitz.
* Los: Genopretter sig i de bayerske alper og skovområder.
* Bæver: Genkoloniserer floder som Rhinen.
* Villkat: Findes i den bayerske skov og Schwäbische Alb.
Fugle
* Havørn: Genopretter sig i Østersøregionen.
* Sort stork: Findes i uforstyrrede skove og vådområder.
* Kongeørn: Sjælden, findes i de bayerske alper og Harz bjerge.
* Havørn: Findes langs kystområder.
* Auerhøne: Findes i de bayerske alper og Harz bjerge.
Krybdyr og padder
* Europæisk sumpskildpadde: Findes i isolerede damme og søer.
* Ildsalamander: Almindelig i fugtige skove.
* Glatslange: Findes i græsmarker og enge.
Fisk
* Huchen: En stor ørred fra Donau.
* Europæisk ål: Kritisk truet, vandrer til Sargassohavet for at gyde.
Insekter
* Sjælden sværmerske sommerfugl: Begrænset til specifikke habitater.
* Hjortetakbille: En beskyttet art.
Andet
* Kæmpe ferskvandsmusling: Findes i floder og bække.
Tyskland har nationalparker, beskyttede områder og genintroduktionsprogrammer for at hjælpe disse arter med at genoprette sig.