Kejsерpingviner står over for flere trusler i deres antarktiske habitat:
- Klimaændringer og havistab: smeltende is forstyrrer yngle og unges overlevelse.
- Menneskelig forstyrrelse: forskning, turisme og skibsfart kan forstyrre kolonier.
- Rovdyr: leopardsæler, spækhuggere og nogle fugle jager æg, unger og voksne.
- Fødetilgængelighed: overfiskeri og havændringer reducerer fisk, blæksprutter og krill.
- Sygdom: fugleinfluenza og parasitter kan sprede sig hurtigt i tætte kolonier.
- Lange trækninger: ekstremt vejr og energitab under rejse til ynglepladser.
Klimaændringsbekæmpelse, reguleret menneskelig aktivitet og bæredygtigt fiskeri er afgørende for deres beskyttelse.