Der findes mange mikroskopiske dyr, der fødes af fytoplankton, samlet kaldet zooplankton. Nogle eksempler omfatter:
- Kopepoder: Små krebsdyr, der er en vigtig fødekilde for mange større dyr.
- Rotrifer: Smale, hjulformede dyr med cilia, der hjælper dem med at bevæge sig og fange føde.
- Kladocerer: Små krebsdyr med en carapace (skål), der dækker deres krop.
- Foraminifera: Encellede organismer med et skål lavet af calciumcarbonat.
- Radiolarianer: Encellede organismer med et skelet lavet af kisel.
Den specifikke type zooplankton, der dominerer et bestemt økosystem, vil afhænge af faktorer som vandtemperatur, salinitet og næringsstoftilgængelighed.