Algblomster kan skade akvatiske økosystemer på flere måder:
- Iltnedbrydning: Alger blokerer sollys, reducerer fotosyntesen og sænker iltniveauer, hvad der kan kvælte fisk og andre organismer.
- Toxinproduktion: Nogle alger udskiller toxiner, der skader nervesystemet, leveren og lungeorganerne hos akvatiske dyr og kan akkumuleres i fødekæden.
- Habitatforstyrrelse: Overfladealger blokerer lys og ændrer habitats, hvad der påvirker nedsænkede planter og arter, der er afhængige af dem.
- Påvirkning af fødekæden: Pludselig algerigdom kan overvælde primære forbrugere og reducere føde til større fisk, fugle og pattedyr.
- Forringelse af vandkvalitet: Nedbrydende alger øger det biologiske iltkrav, yderligere sænker ilt og skaber skadelige cirkler.
Håndtering af blomster kræver næringssaltreduktion, forbedret vandforvaltning og nogle gange bioremediations-teknikker.