Søstøren anses for truet af flere sammenhængende årsager:
- Overfiskeri: Tungt fiskeri i 19. og tidlig 20. århundre, drevet af efterspørgsel til kaviar og kød, forårsagede skarpe bestandsfald.
- Habitattab og -fragmentering: Dæmninger, dragning og forurening har forringet eller blokeret adgang til de rene, dybe vand og gyngelokaler, søstør har brug for.
- Langsom vækst og sen modenhed: Søstør kan tage op til 20 år at nå seksuel modenhed, hvilket betyder, at udtømte populationer genopretter sig meget langsomt.
- Forurening og vandkvalitetsforringelse: Industrielt, landbrugsmæssigt og urbant affald skader støren direkte og indirekte ved at påvirke fødekilder og habitat.
- Ulovlig fiskeri: På trods af beskyttelsesregler fortsætter bryderi og ulovlig høst med at true genopretning.
- Konkurrence fra invasive arter: Invasive fisk som havnepibe og runde gobi konkurrerer med stør om føde og habitat.
Bevaringsindsatser, beskyttelsesregler og habitatgenopretning er essentielle for at beskytte og genopbygge søstør-populationer.