Kejserpingviner står over for en betydelig risiko for bestandsfald inden år 2100 på grund af klimaforandringer. Studier ved brug af forskellige klimascenarier projicerer følgende effekter:
- Havis-tab: Kejserpingviner afhænger af stabil havis til avl og opdræt af unger. Aftagende havis-udstrækning og varighed truer kolonier.
- Koloni-oversvømmelse og tab af reder: Smeltende is og stigende havvand kan oversvømme ynglepladser, ødelægge æg og unger og føre til koloni-tilgivelse.
- Føde tilgængelighed: Ændringer i havis-økosystemer påvirker fordelingen af fisk, krill og andet bytte, reducerer pingvinenes fødeforsyning.
- Unge-overlevelse: Øget storm og stærk vind forbundet med klimaforandringer kan øge ungedødeligheden.
- Område-forskydning: Da havis mindskes, kan pingviner blive tvunget til at flytte, hvilket bringer dem i konflikt med andre arter og nye økologiske udfordringer.
Projektioner varierer meget, med potentielle fald fra 20–30% til så meget som 50–70%, afhængigt af klimaforandringens tempo og succes af bevaringsindsatser.