Flyvefisk står over for adskillige fjender både i luften og i vandet:
- Fugle: Måger og fregatfugle lever af flyvefisk, der springer op af vandet.
- Delfiner og marsvin: Disse havpattedyr jager flyvefisk nær overfladen.
- Tun og sværdfisk: Rovfisk, der lever af flyvefisk langs havoverfladen.
- Hajer: Makohajer og blåhajer er kendt for at jage flyvefisk.
- Marlins: Hurtige svømmere, der bruger deres lange næb til at slå og fange flyvefisk.
- Andre større fisk: Nogle tun og jaks kan lejlighedsvis leve af flyvefisk.
- Blæksprutter: Nogle blækspruttearter bruger tentakler til at fange flyvefisk.
Forskellige flyvefiskearter kan have forskellige fjender baseret på deres specifikke levesteder og udbredelse.
