Kæledyr
Flaskehalsedelfiner står over for flere rovdyr i naturen. Store hajer – inklusive hvidhajer, tigerhajer og tyre hajer – er i stand til at jage og dræbe delfiner. Spækhuggere, eller morderhvaler, er top rovdyr, der byder på en lang række marine pattedyr, inklusive flaskehalsedelfiner.
Menneskelige aktiviteter udgør også betydelige risici. Fiskerioperationer, ødelæggelse af levesteder og forurening kan svække delfinbestande og indirekte øge deres sårbarhed over for naturlige rovdyr.