Skildpadder udskiller affald primært gennem cloacaen, en multifunktionel åbning for fordøjelses-, urinære og reproduktive systemer.
- Fordøjelsesaffald: Ufordøjet materiale samles i tarmen.
- Dannelse af fæces: Vand og næringstoffer optages, og affaldet forstives til fæces.
- Opbevaring i endetarmen: Fæces opbevares i endetarmen.
- Udskillelse: Fæces udskilles gennem cloacaen.
- Urinær udskillelse: Nitrogenholdigt affald, hovedsageligt urinsyre, filtreres af nyrene og transporteres til cloacaen.
- Blæropbevaring: Nogle arter opbevarer urin i en blære før udskillelse gennem cloacaen.
Udskillelsesfrekvensen varierer efter art, kost, miljø og sundhed.