IUCN's rødliste klassificerer otte af de 98 hestehovedflagermusarter som truede. De primære årsager inkluderer:
- Tab af levesteder og klimaændringer: Skovrydning til landbrug, skovdrift og byudvikling ødelægger rastepladser og fødekilder. Klimaændringer påvirker også insektfordelingen, hvilket forstyrrer flagermusenes jagtmønstre.
- Jagt og forfølgelse: Hestehovedflagermus jages nogle gange for føde eller medicin, og dræbes som skadedyr, når de raste i bygninger.
- Sygdom: Ligesom andet vildt er de modtagelige for sygdomme og parasitter. Nogle coronavirusser er blevet forbundet til hestehovedflagermus, selvom ikke alle arter overfører sygdom, og de spiller vitale roller i insektkontrol og bestøvning.
- Manglende bevaringsindsatser: Begrænset forståelse af deres økologiske behov og en mangel på effektive bevaringsforanstaltninger bidrager til bestandsnedgange.
Naturlige bestandsudsving, genetisk diversitet og interaktioner med andre arter påvirker også hestehovedflagermus. At beskytte dem kræver forskning, beskyttelse af levesteder, offentlig opmærksomhed og samarbejde mellem regeringer, bevaringsforkæmpere og lokalsamfund.
